陈氏诊病治案,多本《内经》、《难经》。他对《内经》中阴阳对立统一,承制生化,相互依恋,互为清灵之观点,且能融会贯通,尝谓“人身阴阳相为用,人有阳气,阴之使也；人有阴气,阳之守也,故阳气常开,水吸之而下行,阳气无炎上之忧;阴气常降,火蒸腾而上升,阴津无涸竭之虞。……阳不足则阴胜，阴不足则阳胜，诸病生矣。阴阳配合，本不得一毫偏胜于其间也。”
陈氏运用阴阳学说指导辨证用药,有如轻车熟驾,辄能得心应手,有左右逢源之妙。尝见其治阳虚生外寒之症,用益火之原取胜；治阴虚生内热之病,以壮水之主奏功；治阴损及阳之人,用七分阳药,三分阴药,引阴入阳；治阳损及阴之人,用七分阴药,三分阳药,引阳入阴；治阴阳并损之人,用补益阳气,资生阴分之法;治阴亏阳亢之症,育阴潜阳为治；阴阳失于交恋，坎离既济方法；阴伤孤阳无依，育阴必须敛阳；阴阳濒将涣离，回阳尚需救阴；阴寒内盛，逼阳外越危候，亟予引火归原；邪热充斥，阳郁不伸，速用釜底抽薪，使水火各安其位，阴阳臻于平秘。