陆氏认为：经络学说的起源和针灸的关系十分密切，经络学说用于指导临床实践，以针灸为最早，其后随着中医学理论的发展，才广泛地被应用到各科中去，所以经络学说从孕育、诞生到发展，皆与针灸息息相关。如失去经络学说的指导，实践中就会迷失方向，缺乏理论依据,在千变万化的病例面前，必然不知所措。因此,他深入整理研究经络理论，在临床上从诊断到治疗，无不贯穿了这一思想，并对一些争议较多，众说纷纭的问题，提出了自己独特的见解。
（一）经气的意义
经气即经络之气，针刺调气即是疏调经气。陆氏提出经气应包括两个方面：禀受于父母先天之精气而产生的元气和流行于经脉内外的荣卫之气（即后天之谷气）。前者是维持经络通行血气、营运阴阳、调理虚实、处治百病的功能力量，也是腧穴所以能通过经络的传导发生治疗作用的动力，后者则是营养脏腑、充实身形、维持生命活动的物质基础。虽然先天元气和后天水谷之气有本质的区别，但在生理上是相辅相成、相互为根的，元气必须依靠胃腑所化生的水谷精微之气的滋养，才能不断充实，假如元气没有营卫之气的不断充实，必致耗损而枯竭；而脾胃也必须依靠元气的作用，才能不断化生精微，假如没有元气的作用，就会壅滞而不行。从而纠正了当时文献对经络功能仅认为 "通行营卫”的狭义理解，并为诠释在针灸教学和临床长期存在的一些悬而未解的问题，提供了理论依据。
（二）经脉元气和脏腑腧穴的关系
陆氏整理了十二经脉“标本”、“根结”的理论，结合经气的含义及自己的临床心得，指出：
1.经脉元气的功能作用，皆自肢端及于躯干、头面。
十二经脉的本部及足六经的根部在四肢肘膝以下，而标部及结部都在头面和躯干，其中六阳经脉的标部在头面，六阴经脉的标部大多在各该经脉所属的胸腹部募穴或背腰部俞穴处。说明了手足三阴经脉之元气自肢端直接作用于本脏，然后注输于背部五脏的俞穴，结聚于腹部五脏的募穴。足三阳经脉的元气除了作用于头面躯干部经脉循行所过处外，一部分脉气由合穴别入内腑，与六腑相通，然后注输于背部六腑的俞穴，结聚于腹部六腑的募穴。手三阳经脉的元气，不深入本腑，仅作用于头面、躯干部外经循行所过处，其本腑之气皆自位在足三阳经合穴处别入，上合于手部的本经。
2.四肢肘膝以下腧穴的主治规律。
由于手足三阴之本在四肢，标在背俞与腹募，经脉元气直接作用于本脏，所以六阴经脉肘膝以下的穴位，一般均能治疗本脏病。手三阳之本在四肢，标在头面，经脉元气不入内腑，所以其腧穴不治本腑病而只能治疗头面病。足三阳本部的经脉元气，经六腑之合别入内腑，所以足三阳经在膝以下的穴位，除一般都治疗头面病外，部分穴位，特别是“六腑之合穴”，还能治疗六腑病。
《灵枢·经脉》篇中记载的十二经病候，阴经均有本脏病的症状记载，六阳经中，手三阳经的病候仅反映了外经循行所过处的疾病，没有涉及大肠、小肠、三焦病；足三阳经的病候中，足阳明、足少阳有本腑病症的记载，足太阳经虽然没有讨论到膀胱病症，但在《灵枢·本输》中则补充有“三焦者……太阳之别也……，并太阳之正，入络膀胱，约下焦，实则闭癃，虚则遗溺。”与经脉元气和脏腑腧穴的关系相一致。
3.五输穴排列方向与经脉循行走向的关系。
五输穴的排列方向与经脉循行走向不完全一致，陆氏认为五输穴自四肢末端向心排列，是体现了经脉元气自四肢末端作用于躯干，渐入渐深的现象，而经脉的循行走向，则是说明了营气循环的通路，所以顺逆相接，与五输穴的排列不完全一致。
（三）十二经脉之间及十二经脉与奇经八脉的交会关系
1."六经”的来由。
十二经脉是气血循环的主要通路,按其顺逆方向相互连接,形成一个连通的整体,陆氏在整理十二经脉的交会关系中发现除了顺逆相接以外，手足同名的三阴经、三阳经也是相互衔接的。因此，十二经脉若将其压缩来看，实际就是“六经”，古代文献中所称的“六经”，也就是十二经脉的缩影，这种关系在人体生理、病理上均有很大的影响。例如心肾之气必须相交，就是手足少阴相连的关系；脾气散精，上归于肺，即是因为手足太阴相接的特点；包络相火之所以寄附于肝胆，亦是因为手足阴通连的缘故。在病理上，伤寒六经的辨证论治就是以此为基础的。
2.奇经八脉的功能。
对奇经八脉，历代较少重视，陆氏在研究奇经八脉所过腧穴及所会经脉的同时，对奇经八脉的功能作了全面的阐发。他指出：足三阴经皆交会于任脉的中极、关元，阴维脉交会于任脉的天突、廉泉，冲脉交会于任脉的阴交，手三阴经虽不直接和任脉相交，但是由于手足三阴同名经相接，脉气相通，因此，任脉能容任诸阴之气而为“阴脉之海”。督脉的大椎穴为手足六阳经的交会穴，阳维脉又交会于哑门、风府，故手足诸阳之脉气可以集聚于督脉，称为“阳脉之海”。冲脉发于气街，并足少阴直冲而上，气街属胃，是五脏六腑和水谷之海，足少阴属肾，为藏精之处和先天之本，冲脉蓄受二经脉气，故为“十二经之海”。带脉束腰如带，有统束一身上下纵行诸经的作用。维脉能维络一身表里之阴阳，阳维脉维络诸阳，阴维脉维络诸阴，这也是由二脉所经过的腧穴和交会的经脉决定的，又因阴主里，阳主表，所以阴维脉主一身在里之阴，阳维脉主一身在表之阳。阳跷脉经过手足太阳、手足阳明和足少阳五脉，却不与督脉交会，各自分布在身体的脉左右阳部，故分主一身左右之阳气，阴跷脉也不与任脉相交会，循行于阴部而分居左右，故分主一身左右的阴气。
八脉之中,冲、任、督三脉皆起胞中，同出会阴，任脉行于腹，督脉行于背，二脉上行至头面而相接于龈交穴，合之为一，分之则二，以象征阴阳一气，子午南北的关系。而冲脉出会阴，过气街，并足少阴而上,此三脉一源而三歧,加上带脉统束诸经，在生理上有十分重要的作用。
（四）十二经脉病候的病理析解
陆氏对十二经脉病候的病因病机逐条作了详细的分析，他把每条经的“是动病”和“所生病”归纳为五类:本外经病、本脏(腑)病、他脏(腑)病、有关器官病及其他病。指出经络的实症，多因经脉为某种致病因素所激惹或壅阻，导致气血运行不通畅，即经气壅滞，“血伤为肿”“气伤为痛”，则在经脉所过之处出现肿或痛的症状；如果邪壅化热，还兼有灼热红肿的现象。经络的虚症，多为经气虚陷，气血不足而成，可以由某一脏腑和经脉本身的元气不足，阳气虚陷而致;也可因全身性的气血不足,阳气虚弱而引起,往往会出现局部不仁不用，甚至枯痿的症状。
由于经络“内属脏腑，外络肢节”，故经络的病候，实际上离不开脏腑器官以及皮肉筋骨等组织功能变异的症状。同时，由于经络的分布错综复杂，加之脏腑经络之间阴阳表里、生克制化等方面的生理病理影响，故十二经脉的病候，实际上是多个脏腑器官病变的证候群，有着错综复杂的关系。
此外，有些症状另然相同，但由于隶属的经脉不同，病理传变的结果也不相同，在辨证时必须作具体的分析。例如膀胱经病变可有腰痛，肝经病变也见有腰痛，但膀胱经的腰痛由于脉气厥逆，气血不通，脉道壅塞而致，所以疼痛如折断腰背，不能转侧，属实证；而肝经的腰痛，则为肝病不能淫气于筋，腰部的筋肉缺少阳气温养，故而拘急板滞，不能俯仰，属虚证。同样是腰痛，治疗法则就完全不同。