陆氏认为，针灸处方配穴，也和内科处方用药一样，有其一定的组成规律，决不是病在那里就针哪里，而要整体辨证，识别标本，权衡缓急。一般以局部和邻近病所的腧穴为主穴，以经络循行所到处四肢的腧穴为配穴进行处方，其常用的配穴方法有下列多种。
（一）常用的配穴方法
1.俞募配穴法。
凡脏腑有病或与脏腑相关的病症，都可取俞、募穴配合应用。
2.表里配穴法
当一经有病，取与之相表里的经脉同治，往往可以加强疗效，尤以主客原络法为常用。
3.纳支配空法。
是按十二经经气流注时刻取穴的一种方法。若实证时，“实则泻其子”，可取该经的子穴，并按“因盛而泻”的原则，按时施治（该经气血最盛时，泻该经的子穴）；若虚证时，“虚则补其母”，可取该经的母穴，并按“因衰而补”的原则，按时施治（该经气血将衰时，补该经的母穴），然后再配用其他对症的有效穴位。例：胃实症，可在上午七时泻该经子穴厉兑；胃虚证，可在上午八时末补该经母穴解溪，另外再配用中脘、脾俞、胃俞等对症效穴。
4.刚柔配穴法。
将十二经与十天干相配,十天干隔五相合,即甲与己合、乙与庚合、丙与辛合、丁与壬合、戊与癸合,与之相配的脏腑经脉即胆与脾合、肝与大肠合、小肠与肺合、心与膀胱合、胃与肾合(心包为阴血之母,三焦为阳气之父,同属相火,所以三焦属丙,心包属丁),临床上胆经穴与脾经穴配、肝经穴与大肠经穴配、小肠经穴(三焦经穴)与肺经穴配、心经穴(心包经穴)与膀胱经穴配、胃经穴与肾经穴配,就是夫妻刚柔与穴法。例:阳陵泉配阴陵泉、太冲配合谷等,皆属此配穴法。
5.对症配穴法。
即针对症状和病理，选配穴位的方法，有的选用单穴例如多痰加用丰隆；咯血加取尺泽等，也有选用古今小型有效成方，如胃病常取内关、足三里；利水常配阴陵泉、水分等。
此外，陆氏还常用五输穴子母补泻配穴，治疗脏腑病；八脉八穴、八会穴治疗相关病症；郄穴治疗急性疾病等，都取得满意的疗效。
（二）权宜之变通方法
泻南补北法是古人针对“东方实”、“西方虚”而提出的一种配穴方法，陆氏认为此是一种权宜之变法。东方实即木实，西方虚即金虚，泻南即泻火，补北即补水。在木实金虚的病理机转下，木实生火，火实克金是必然的，所以治疗上必须泻火救金以制肝木，这是实泻其子之法。但金虚何以不补土母，而要补水呢？陆氏认为在土平无恙情况下，补之使实，则有制水之忌，水亏无以克火，火旺则更伐金，如是非但不能取得治疗效果，反而更造成恶性循环，因此提出补水，水不虚则可制火，火衰而不烁金，则金虚得治，金坚而能制木，则木因而平矣。据此推论，火 实水虚，在金平无恙时，可以补木泻土；土实木虚，在水平无恙时，可以补火泻金；金实火虚，在木平无恙时，可以补土泻水；水实土虚，在火平无恙时，可以补金泻木。