针灸包括针刺和艾灸两种方法，针刺是机械性刺激，艾灸虽是温热的刺激，但更具有奥妙，两者都是通过经络穴位传递治疗的效应。《灵枢·官针》说：“针所不为，灸之所宜”。说明针刺和艾灸在治疗上是相辅相成，相互补充的。因此，裘氏特别强调“用针莫忘灸”。
灸法有温经散寒之功。《灵枢·刺节真邪》说：“脉中之血，凝而留止，弗之火调，弗能取之。”《灵枢·禁服》也说：“陷下者，脉血结于中，中有着血，血寒，宜灸之。”灸法是借灸火的热力透入肌肤，以温经散寒，通行血脉。故一般用治于外感表证、咳喘痰嗽、风寒湿痹以及妇人气虚血崩、男子虚羸少气、老年肾亏多尿、小儿疳积等，有较好的疗效。
灸法能起沉疴危证。《伤寒论》中早有少阴病吐利，手中逆冷，无脉，用灸法治疗的记载，其有扶阳固脱的功效。裘氏早年曾治一重症痢疾患者，历经数医治疗，汤药并进，症情加剧，已经出现神识昏糊，脉象微细等危象，邀裘氏往诊，初投汤药无效。后转用太乙神针灸法，持续熨灸天枢、关元数小时，次日病人神志顿见清爽，痢止而脉转和，不三日而痊愈。象这样用药物、针刺等治疗无效而最后以灸奏功的例子，在裘氏的追忆中并不是少见的。临床中对于中风脱证、大汗亡阳、气虚暴脱等危症，均可应用灸法救治。
灸法还有防病保健作用。《千金要方》曾载：“凡入吴蜀地游宦，身上常须三两处灸之，勿令疮暂瘥，则瘴疠毒气不能入也。”说明艾灸对于预防感染性疾患有一定的作用。近时对脑溢血、高血压一类疾病，几乎畏灸如虎，而在《神灸经纶》中则载列了预防中风的九个施灸穴位。可见这一宝贵经验，我们尚未很好继承。此外，文献中还有常灸足三里、气海等穴位有健康长寿的记载。过去有庄周曾讥笑孔丘“无病而自灸”之说，实践证明灸之得当，可达“自灸而无病”的目的。
一般认为，灸法只适用于沉寒痼冷，无脉亡阳之证。裘氏认为灸法适用的范围很广，不仅可用于阴证、寒证，也可应用于阳证、热证。过去丹溪治热证用灸，乃取“从治”之意，阴虚证用灸取法“阳生阴长”的道理。近代也有很多用灸法治疗热证的临床报导，如用艾卷灸法治疗急性乳腺炎、急性结膜炎、急性化脓性中耳炎，用灯火灸治疗急性扁桃腺炎和流行性腮腺炎等，均取得了较好的疗效。问题的关键在于如何正确运用“辨证施灸”。
裘氏认为，灸法的临床应用固然十分重要，而灸法的作用机制，也亟需研究，灸法是否仅仅是一个温热刺激问题，恐怕其中还有许多科学的奥秘，尚待我们去认识和探索。