一、疑难病证，多缠绵难愈，或因病邪峻厉，或因正气不支，或因症情复杂，宿疾而兼新病，内伤又兼外感，寒热错杂，虚实互见，多种因素，凑合而成，针对不同情况，应采取不同的治疗对策。诚如喻昌所说：“病千变，药亦千变”。但这个“变”决不是漫无边际的乱变，“万变不离其宗”，要有“准绳”。对外感热病的治疗，应采取“扭转”“截断”的方法，所谓“扭转”，即因其势而导；所谓“截断”，即“先安未受邪之地”。其目的是使疾病不再继续发展，从而迅速得到控制。所谓“治外感如将，兵贵神速，机圆法活，去邪务尽，善后务细。”。对内伤杂病的治疗应采取“调养”“调整”的方法，所谓“调养”，即扶助正气，使正气得充而驱邪有力；所谓“调整”，即调整人体的阴阳，使之归于平衡，因病久缠绵，根深蒂固，治疗切不可操之过急，只要辨证不误，治疗方向正确，方药能切中病机，就不必轻易改弦更张，应守法守方，缓缓图之。所谓：“治内伤如相，坐镇从容，神机默运”。
如上所述，外感热病与内伤杂病的治法虽有不同，但两者又有联系，内伤容易感受外邪，而外感又进一步促进内伤，所以在治疗疑难杂病时，应遵循王孟英之旨，外感病宜“实中求虚”，内伤病宜“虚中求实”。
二、任何一种疾病，无论其证候如何变化，但证候的性质、特征均可反映该病的本质，治疗时，兼顾其病，往往较不兼顾其病疗效要高。即使采用“同病异治”“异病同治”法则时，也是如此。若异病同证时，并不完全同治，而是同中有异，此异即异在对病的治疗上，如哮喘与癃闭，在其病程过程中均会出现“肾阳虚弱”的证候，在用温补肾阳的共同的治法时，哮喘当兼顾纳气，癃闭必兼顾通利，这就是因病不同而同中有异。若同病异证，根据不同证候而采用不同的治法时，因证是同病之证，治疗也要异中有同，此同即同在对病的治疗上，如癃闭的治疗，根据证候不同，虽有清湿热、散瘀结、利气机、补脾肾诸法，但由于同属癃闭，病位在膀胱，应根据“腑以通为用”的治疗原则，着重于通利。
三、脾胃有病，可影响到其它脏腑，其它脏腑有病，也可影响到脾胃。若脾失健运，气血生化不足，或统摄无权而失血过多，均可导致心血亏虚，另一方面，若思虑劳神过度，不仅暗耗心血，且可影响脾的运化。脾虚运动功能减退，生气不足，则肺不能得脾胃的资助而气虚；肺气久虚，亦可影响气的生成而致全身气虚，引起脾气变虚。若肝失疏泄，气机不畅，可横逆犯胃g脾，而形成肝胃不和，及肝脾失调的病变。反之，若脾失健运，生湿蕴热，熏蒸肝胆，也可影响到肝的疏泄。脾为后天之本，肾为先天之本，转相滋养，相互为用。脾虚化源衰少，则五脏之精少而肾失所藏；肾虚阳气衰弱，则脾失温煦而运化失职。以上是应用脾胃学说指导心、肝、脾、肺、肾诸脏治疗的理论依据。