中医界存在着伤寒学派与温病学派之争，由来已久。章氏认为这种派别的本身，就有一定的局限性和片面性。他主张阐扬两家之长，而反对互相排斥。章氏虽服膺曹颖甫先生用经方的经验，但他曾说：“师治病，非仲景方不用，予虽立程门，有负期许。”他主张博采众长，不必有经方、时方的界限；对各家的特长，理应兼收并蓄。他认为金元四大家中，河间主凉，子和主攻，东垣主温补，丹溪主滋阴，分之则抱残守阙，各执一端，囿于前人之一方一法，合之而取其所长，则可随宜而施，只要胸有成竹，处方用药便能得心应手了。他说：“读古人书，或臧否人物，切不可割断历史，最重要的是为了更好地继承前人丰富的临床经验，来扩大自己的眼界，增加治病的疗效。”又说：“《汉书·艺文志》方伎四家，为医经、经方、房中、神仙，经方之所以成为学派，乃当时对待医经家而分的，汉时任何学问，都重师承家法，医学当然不能例外。到了宋代以后，医家用《医经》的理论解释《伤寒论》和《金匮要略》，所谓经方、医经两家的界限，已不复存在了。仲景书确是大经大法，它对祖国医学的发展，起着承先启后的作用，《伤寒论》辨证论治的法则，不但为热性病的治疗定出了许多处理方法，而且也可以推广运用于一般杂病，为中医整体疗法奠定了基础，在医学上的贡献极其伟大。自叶天士总结了前人的理论，充实了许多辨证方法与治疗方药，成为温病学派，这本是经方的进一步发展。他以卫、气、营、血作为辨证纲领，也并没有离开仲景辨证论治的规矩准绳，因此必须肯定伤寒、温病学说之不可分割。温病学说原不反对施用仲景方，也并不务求清淡轻灵，说明经方与时方的界限原不存在。”到了解放以后，伤寒、温病两派之争，犹未平息，他就大声疾呼地说：“在这两种学说的矛盾中求得统一，才能对多种热性病的辨证与治疗，获得进一步的发展；如果抒它们对立起来，各立门户，判若鸿沟，我认为这种现象，在这新时代里不应该再继续下去了。”时至今日，伤寒、温病两派的无谓之争，似乎已经不再存在，这可说是一大进步，章氏开风气之先，其功实不可没。章氏在中医学术问题上是没有门户之见的，如果他的医学思想可以作为一个学派的话，那末，不妨这样说：他的特点是以“不派为派”的。他对仲景所说的“博采众方”，最为服膺，平时对这方面努力较深，故在临床上能取得显著的疗效，决非偶然。