程氏将内难理论和伤寒温病学说综合运用于临床实践，对多种外感热病及诸多内妇疑难杂病均有独到疗效。其善宗叶天士法而化裁之，出奇制胜之例难以枚举。
一、善治温热重症：程氏治外感重症甚多，能攻能守，善于应变，以稳扎稳打着称。他吸取叶氏学说精髓，灵活应用于温热重症，恰当掌握轻重缓急各症的全局变化，用药进退有条不紊。他曾指出：“凡治外感如无痰浊湿热瘀滞之类，则‘体苦燔炭，汗出而散’，不致迁延时日；如有痰浊湿热瘀滞内外合邪，则病必纠缠难解，因而必须详细审证，才不失治疗时机。”他对春温重症尤擅于透法，如初期每以豆卷、桑叶、甘露消毒丹等以清热透气，中期用鲜生地、鲜沙参、豆卷、桑叶、牛黄清心丸等以气血双清，极期撤去豆卷、桑叶等气药，而加入鲜石斛、玄参、鲜菖蒲，改牛黄清心丸为至宝丹以清营开窍兼防痉厥，病情转危为安后则用鲜沙参、鲜石斛、玄参、桑白皮、川贝、象贝、竹沥等以养阴清肺化痰，后期则撤去鲜石斛、玄参而用花粉、芦根等善后调理。对湿热之证，程氏尤善辨湿热之多少，以苔腻厚薄定湿之多少，苔腻在舌的前、中、后部位定上、中、下三焦，以色白为夹寒、色黄为化热、色灰或黑为热盛、质红为阴伤、质淡为阳虚，参以问诊，口腻、口淡属湿，口干属热，湿多于热则口甜，热多于湿则口苦。于湿热互阻之证，每以小柴胡汤、泻心汤、三仁汤合法应用。他还指出：“胸痞的主要原因是湿热痞结。三泻心汤的组成，干姜配黄连、半夏配黄芩，辛开苦降，是治胸痞的主药。参、草、姜、枣是理中之意，可以随症加减。对阳症阴脉的患者可以原方照用，对一般热度较高患者就要注意加减。”
二、咳喘痰饮，治法灵通：对咳喘痰饮一类病症程氏在总结前人认识的基础上，作了很多发挥，在综合运用有效方药中取得显著疗效，为当代医家所称道。程氏善以小青龙汤合射干麻黄汤治支气管哮喘、慢性支气管炎。他认为《金匮要略》称为“咳而上气，喉中如水鸡声”，射干利咽喉、消痰涎，是对症的要药。但要止其痰声，须先宣利肺气，故常用麻黄、细辛、紫菀、款冬、辛荑、百部等以宣肺止咳。他认为慢性支气管炎在临床上纯寒宜温者有之，温而兼清者亦有之，纯热宜清者就很少。还认为痰饮为水寒之邪，痰饮之疾多见年老或体虚之人，大都恙久根深，不仅须干姜、半夏、厚朴、苏子等温化之，多宜用鹅管石温肾纳气，或更入紫衣胡桃、五味子、坎（无灬）qi共奏其功。阳虚较著者，还每仿阳和汤意参以熟地、麻黄、鹿角霜、白芥子等药。对饮从热化者，则以温清并用法常予定喘汤。对老人体虚，喘甚而咳嗽、汗多者，还每用生脉煎化服《局方》牛黄丸一粒。
三、左右逢源疗胃病：胃病种种，往往虚实寒热夹杂，每需标本同治、气血兼顾，选方用药尤需深思熟虑。程氏对此皆能左右逢源、灵活应付，因而常获独特疗效。如对胃痛、嘈热、呕吐酸水、畏寒无力者每以仲景乌梅丸加减治之，认为乌梅丸苦辛酸同用、寒热并投，除有驱蛔杀虫功用外，可据寒热偏胜而加减之，以治肝胃胆经寒热夹杂胃脘胀痛、灼热、呕恶酸冷清水等症。对肝胆热盛挟胃热上升之脘痛、目热、口疮、眩晕、呕恶者则选用枳实栀子豉汤、左金丸、栀子厚朴汤等清上宣中兼疏肝和胃之法。若气机郁滞脘痛背寒者则除用苏梗、毕澄茄、娑罗子、川楝子、延胡索、佛手柑等疏肝和胃为主外，还常加入桂枝汤以调和营卫。对脾失健运、胃气不和脘痛、便溏、胃纳不馨者则重予调理脾胃，常予香砂六君子汤配左金丸治之，其中木香与左金丸中黄连相配可实大便，这也是程氏左右逢源配伍之一法。对脘痛而胃反呕吐者程氏则每以旋覆代赭汤和胃安中，还每配以左金丸、煅瓦楞、白螺丝壳等并治肝经火郁。对胃病疼痛诸症平复后，程氏又常以归脾之类善后，他认为调补气血颇为重要，养血可以柔肝而减少肝之横逆，补气可以健脾能御肝之克犯。
四、细析病机治不寐：不寐之症可由多种病因病机所致，程氏以其审因精细、辨证分明每获著效。如曾治不寐而胸闷、心悸不安、时噫、纳食不香而久治不效者，给予半夏秫米汤、温胆汤、三仁汤合方和胃化痰湿而获效，程氏分析道：“胃不和则卧不安”，其胃不和者包含胃有湿热、痰浊、积滞以及肝胃不和等，治疗时必须分别主次、注意兼顾。又如曾治日久不寐而口苦、舌麻、后脑热痛者，给予黄连阿胶汤化裁而愈，程氏认为：对心阴不足、心火有余者仍当以滋阴为主，着眼于治本而兼顾其标，当用黄连阿胶汤加减，黄连用量宜小，当防其苦从燥化，与阿胶同用以得其滋润，与枣仁同用以得其酸制。程氏还认为：补心体宜酸，强心用宜辛，故归脾汤、补心丹等方均以枣仁、远志相配，远志交通心肾、解郁开结，辛而不猛。对眠少梦多，心营不足若无心烦不安者程氏常用归脾汤而取效，而对有心烦不安、胸痞不舒者则多以泻心汤法治之。若神志不宁精神失常则又以百合地黄汤合甘麦大枣汤调治。程氏认为不寐原因颇多，其属于心经者约分烦躁和惊怯两类。烦躁不安而乱梦纷扰者属心营不足、心火有余，用药以清宫汤、酸枣仁汤、黄连阿胶汤等为主，而以黄连为清心的上选；虚怯不安而梦多惊噩者属心气不足、心阳不振，用药以桂枝加龙牡汤、补心丹、磁朱丸等为主。《十剂》中的重剂，所谓“重可去怯”的金石类药适用于此症，常用的如龙骨、龙齿、磁石、紫石英等即是。