大黄，将军之称，性味苦、寒、入脾胃、大肠和肝经，有攻下、泻火，清热燥湿、逐瘀活血的作用，而秦老用大黄取其能通腑逐瘀之功能，在临床上展开应用，凡见脉实者，均可用大黄，则便实用生大黄，便软者用制军，不拘泥只用其清热攻下，逐瘀之作用，他用大黄平胃降逆，通利气机，化痰下气，调利水谷等。
平胃降逆：秦师在临床诊治胃脘病中，见于胃窦炎，糜烂性胃炎、胃溃疡，而临床表现为胃气上逆、嗳气、欲恶、呕吐等证状，秦老投大黄重在泻下导滞，和胃降逆，通腑降逆下气之法，以治其证。制军、槟榔通腑降逆，其制军用量在6～9g之间。
消痰下气：秦师投大黄消痰下气，常用于老慢支、顽痰不化者。秦老除用二陈汤化痰，再则就是生大黄、黄芩，此非清热之意，而是逐痰之用。本草纲目有记载，用大黄、黄苓、沉香、青礞石煅红共研末为丸……温水吞下，即卧勿动，候药逐上焦痰滞，次日先下糟粕，次下痰涎。患者服后确是先通大便，后下痰涎，用之痰逐日渐少。再则，投大黄治之，乃取其苦寒泄热之性肺与大肠相表里，使肺热藉肠道下泄，则肺气得以通降，病体逐日康复。
通利气机：大黄通利气机，是本草纲目李时珍所言，秦老运用则得心应手，秦老用大黄通利气机，导气下行，以助开窍。以制军其“通宣一切气机”，导气下行，配菖蒲宣气开窍，一升一降，一宣一泄来开耳窍，此用法确为秦老的独特之处。
通利水谷：秦师用大黄通利水谷，是以荡涤肠胃之宿垢， 滞除而醒胃，恢复中焦的水谷通利，调中化食。秦老用大黄是泻下导滞以除宿食。佐以健胃，从而达到通利水谷，增进食欲之作用。