药对数量众多，类别复杂，应用广泛，各家均有独特的经验。但按其组成分析，以相须、
相使配伍者居多。
药对配伍后，性能主治发生变化，受到历代医学家的重视。首先，多数药对的功效，比单味药增强；其次，一味药的功效比较简单，配成药对则可扩大应用范围，以适应临床病证的复杂多变。有些药物具有毒性、烈性，或具有副作用，容易引起不良反应。与某些药物组成药对，可以制约其毒性，烈性，减轻或避免不良反应。
药对是相对固定的配伍单位，具有一定的独立性，但在病情变化复杂时，可按病情需要灵活变化。可以两个或两个以上的药对联合应用。如牛蒡子、僵蚕合用祛痰消肿，宣滞破结。石氏伤科常用于痰湿入络之颈椎病、肩周炎、腰腿痛等病证，若兼有肢麻者，可联合南星、防风行血解痉，化痰祛滞，从而使肢麻康复。对于某些病证，通过调节药对本身之用量比例，即可改变药对的功效主治。例如桂枝、白芍配对，调和营卫，当卫表之证明显时可加大桂枝的相对用量；当营血之证较重时，则相对加重白芍用量，以适应病情不断变化。
石氏伤科擅用药对治疗伤科疾患，疗效颇佳。此仅举数对，以窥其药对运用之精要。
（1） 牛蒡僵蚕
牛蒡僵蚕药对化痰湿为其要
牛蒡、僵蚕是石氏擅长运用于伤科临床的一对要药，尤其是在伤科杂病中的运用更为广泛，如：颈椎病、腰椎间盘突出症、肩关节周围炎、肱骨外上髁炎、桡骨茎突狭窄性腱鞘炎、髋关节滑膜炎、膝关节创伤性滑膜炎、滑囊炎等等。石氏认为该类疾病大多属中医“痰湿入络”范畴，其主要病因是由于人体气血不和、运行不畅，导致气血壅滞、津液凝积，进而聚积成痰。若入于经络则麻痹疼痛，入于筋骨则头项胸背腰骶掣痛，手足牵掣隐痛，聚于局部则肿而成块。正如沈金鳖在《杂病源流犀烛·湿》中曰：“以故人之初生，以到临死皆有痰，皆生于脾……而其为物，则流通不测，故其为害，上到巅顶，下到涌泉，随气升降，周身内外皆到，五脏六腑俱有。”充分说明痰湿为患，随气升降无处不致，而遍于全身。因此石氏依据祖国医学辨证施治特点，牢牢抓住痰湿致病之因，针对性地采用化痰利湿，通络散结之法，对该类疾病进行辨证治疗。石氏每每运用牛蒡、僵蚕两药，为其治痰散结之要药。牛蒡：性凉、味辛苦，祛痰消肿、通行十二经络；《本草备要》曰其：“散结除风……利腰膝凝滞之气。”《药品化义》曰其：“能升能降，主治上部风痰。”《本事方》曰其“治风热成历节，攻手指作赤肿麻木，甚则攻肩背两膝……”。僵蚕：性平、味辛咸，祛风解痉、化痰散结。《本草求真》曰其为“祛风散寒、燥湿化痰、温利血脉之品。”《本草思辨录》曰其“治湿胜之风痰……劫痰湿散肝风。”由此，牛蒡、僵蚕、两者配伍应用可通行十二经脉、开破痰结、导其结滞、宣达气血、滑利关节。故石氏家传名方“牛蒡子汤”即以此两药为君组成。
（2） 柴胡香附
柴胡香附药对治内伤为其要
柴胡、香附为药对是石氏擅长运用于治内伤疾患之要药。石氏认为：“头胸腹之内伤，不论其新伤宿损，或虚实之证，总与肝经相系。”故施治时往往使用肝经之药，多以柴胡与香附相需为用。柴胡，味苦，性微寒而质轻，为厥少二经的引经药，按足少阳经的循行是由上至下足厥阴肝经则由下至上，故可随经气上下，能升能降，具升清阳、降浊阴之功。《医学启源》：“柴胡，少阳、厥阴引经药也。”石晓山曾言：“柴胡能升能降，因而得着一个‘和’字，只要善于用，不论病在上、中、下哪一部，都很适宜，其是治伤科内伤的一味有效良药。”香附，味微苦甘，性辛。入肝、三焦之经。《纲目》曰：“其入手足厥阴、手少阳，兼行十二经，八脉气分。”又曰：“香附之气平而不寒，香而能窜，其味多辛能散，微苦能降，微甘能和。生则上行胸膈，外达皮肤，熟则下走肝肾，外彻腰足。”而伤科内伤初成皆由卒然身受，其部位都在头、胸、腹、会阴等处，属于瘀阻或气滞，其症状除疼痛胀滞者外，更是诸变百出，但总由阴气不舒（气滞），阳气不达（气郁）所为。故应用此药对疏泄肝胆三焦气血之郁滞最为适宜。柴胡香附药对运用，在脏主血，在经主气，故以之治脏是血中之气药；以之治经，是气分之药。只要配伍得宜，自能开郁、散滞而通达上下，用治伤科内伤瘀阻气滞诸证，确有良效。
石氏善用柴胡香附药对，但并不独用之，每多佐他药合用。如头部内伤（脑海受震）初期，证见昏厥、恶心、呕吐、眩晕等患者，往往加细辛、半夏、薄菏等治之，取柴胡细辛汤之意。若少腹部或会阴部内伤，浊瘀内阻，气化失司，窍隧不通而见癃闭、口渴、烦躁等患者，常常加用桔梗、升麻、通草、血珀等药治之，用柴胡桔梗汤之理。若胸胁、腹部内伤，气机失畅，腑气受阻，证见胸闷腹胀、便秘等患者，每每加用桃仁、天花粉、芍药、当归、枳实、川军等药治之。仿柴胡疏肝汤复元活血汤之法。
可见，不论损伤内证病位于上、中、下何处，皆可运用柴胡香附之药对，只要正确辨证，灵活配伍，用之每多合辙。
（3） 草乌磁石
草乌磁石药对通脉息痛为其要
“疼痛”在骨伤科疾病中是极其常见而又难以解决的症状。石氏伤科在其临床治疗上，一方面运用祖国医学整体观念辨证施治特点进行治疗，另一方面运用辨证与辨病相结合的方法进行临床用药。石氏尤其擅长运用草乌、磁石药对治疗于伤科临床疼痛之患，且应用范围十分广泛，如：骨折、脱臼、伤筋、劳损、宿伤、杂病等等。石氏认为该类疾病的疼痛机理或气滞血瘀，或风寒痹塞，或痰湿互阻等，使人体脉络不利，运行失畅而产生疼痛。《杂病源流犀烛》曰：“跌仆闪挫，卒然及内，气血俱伤也。……必气为之震，震则激，激则壅，壅则气之周流一身者，忽因所壅而凝聚一处，是气失其所以为气矣。气运乎血，血本随气以周流，气凝则血亦凝矣，气凝在何处，则血亦凝何处矣。夫至气滞血瘀，则作肿作痛，……。”《素问·举痛论》曰：“寒气入经而嵇留，泣而不行，客于脉外则血少，客于脉中则气不通，故卒然而痛。”《素问·痹论》曰：“风寒湿三气杂至合而为痹也。”从古代医家的论述可以看出，不通则痛是疼痛的根本机理。因此石氏牢牢抓住疼痛的致痛之因，采用通脉息痛之法，并根据临床变化随症治疗。其中每每运用草乌、磁石药为其通脉息痛之主要。草乌，性热、味辛；宣通血脉、搜风胜湿、散寒止痛。《药性论》曰其：“通经络，利关节，寻蹊达径而直抵病所。”《医学衷中参西录》曰其：“热力减于附子，而宣通之力较优。”《纲目拾遗》曰其能：“追风活血”。磁石，性平，味辛咸，活血化瘀，消肿镇痛，补肾益精。《本经》曰其“主周痹风湿，肢节中痛。”《千金要方》曰其：“通关节消肿痛。”《别录》曰其“养肾脏，强肾气，通关节……”。由此草乌、磁石配伍应用可通利血脉，消肿息痛，并且磁石之咸凉可制约草乌之峻烈，草乌之辛烈又可起启磁石之阴寒，两药相辅相成，相得益脏彰，故石氏每每用之，其家传名方固腰汤就以草乌磁石为君药组成的。