石氏说：“手法是医者用双手诊断和治疗损伤的一种方法。”手法首先是用于诊断的，比摸患处以了解伤情。摸法在历代文献中都曾提及，石氏则在运用摸法的过程中还注意比，与健侧比与正常情况比。因为只有这样，才能更清楚地通过手法获得诊断。以往，没有条件用ｘ射线检查以辅助诊断，比摸是极为重要的。现在，ｘ射线检查十分普遍，而比摸手法仍不可忽视，还是伤科医师应掌握的基本诊断方法。只有亲手比摸，才能具体了解伤情，有时还可使某些早期在ｘ射线检查中难以明确的骨折得到临床诊断。
诊断后即要以“稳而有劲，柔而灵活”的手法施以治疗。石氏“一般常以十二字为用，即：拔，伸，捺，正，拽，搦，端，提，按，揉，摇，抖（亦作“转”）”。拔，伸，捺，正主要用于正骨。唐代的《仙授理伤续断秘方》治疗骨折就是用这四种手法。拽，搦，端，提则主要用于上骱。拽是向前拉，搦是握住，《世医得效方》说“拽直”，“搦教归窠”。端为端托，提乃上提。这四种手法应用时往往两手并用，左右分工。如右手或端或提，相机而行，左手为辅，或拽或搦；或助手拽搦，医者端提，互相配合。按，揉，摇，抖多用于理筋。《伤科大成》用治伤筋说：“轻轻揉捏”，“摇动伸舒”。抖是用手抖动，也有舒筋的作用。
石氏就是这些手法还指出过两点：一是“这十二法在应用上并没有严格的界限，无论正骨，理筋，上骱，随着需要可以互相换用。”因此，不宜机械地划分这是正骨手法，那是理筋手法。二是理筋手法不独用于伤筋，“接骨前后亦须注意理筋，使之活动顺和”，“骨折接续后期，亦应以理筋为辅助手法”。这一点，石氏在临证时极为重视，目前仍有必要予以强调。
石氏还认为：“用手绑扎固定的方法，似亦可附列于手法之内”。这主要是说明其重要性决不亚于正骨复位。尤其是骨折整复后，石氏必亲手绑扎，多在损伤部位外敷药物及棉花垫衬妥后，用绑带先绑三圈，并在以后的包扎中注意使该部稍紧而得固定确实，两端则较松，能使气血流通。要求绑扎固定后的外观是匀贴的，复诊时当不松动，不变样。这样既能使患处不致再移位，又无包扎不当带来的肢体肿胀，筋脉拘挛之弊。