从五十年代初期开始，当王玉润教授确定以血吸虫病肝硬化为主攻方向以后，他便整整探索了将近四十个春秋。整个血吸虫病肝硬化专题的研究过程，是一个由传统思维定式、传统中医理法方药、辨证论治向着医学最高境界“识病治本”转变的过程，一个由泛化的“证”的研究向着对“证”的实质进行研究并加以揭示的逐渐转变的过程，一个思想认识逐渐深化、达到飞跃的过程。传统中医学对证的研究，只是靠实践经验和逻辑推理；王玉润对证的研究是为了对证的实质进行揭示，靠的是在严密设计下的科学实验。
王玉润教授的整个血吸虫病肝硬化临床研究过程大致分四个阶段：第一阶段为单方研究阶段。他根据患者体征用攻下逐水法、攻积软坚法进行治疗，同时开始进行有关剧毒药、杀虫药等单方的大量研究和逐个筛选。他通过辨证，根据患者体质用半攻半补法、先攻后补法进行治疗；第三阶段是第二阶段的深化，根据患者在临床上错综复杂、变化多端的表现，对第二阶段所分出的虚实两型按病因病机作进一步的分析和归纳：将实证分为一般、郁热、血瘀三型；将虚证分为肝肾阴虚、肝肾阳虚、肝肾阴阳两虚三型，然后按利水化湿、清热泻肝、活血化瘀、健脾温肾、养阴柔肝、温阳育阴和气血两补等治则进行治疗。以上三个阶段基本上没有脱离传统中医的思维定式。其实在这三个阶段，王玉润一直没有停止过通过科学实验和临床验证，对大量的古方和民间验方进行重新认识和重新评价。一方面，他从实验和临床取得了有关这些方药的第一手资料；一方面，他坚持实事求是的原则对古典医籍记载或民间流传的谬误，如巴豆、萱草根、雄槟丸等功效逐一加以修正，亦有力地阻止了社会上道听途说的种种讹传。第三阶段，经临床观察，虽然各型患者均有不同程度的改善，但以活血化瘀法则治疗血瘀气滞型的疗效最为突出。应用活血化瘀方药治疗后的患者，尿量增多、腹围缩小、体重明显下降。随访结果亦证实它要比另外五种类型的疗效更为巩固、持久。但是，腹水的复发率依然偏高，症状和体征的改善状况不如预期的那样理想。为了解开用活血化瘀治疗血吸虫病肝硬化血瘀气滞型取得显著疗效的奥秘，进行了第四阶段的研究。
王玉润通过“识病”即对肝硬化证的本质的追求，他清楚地认识到，晚期血吸虫病患者在临床上所表现的各种不同症候和证型均属标证，其主要病本在肝——由于反复的或大量的感染血吸虫尾蚴后，数量极众的虫卵沉积在肝内门脉的边支和末支，致使大部分边支管腔被阻塞，影响了门脉进入肝血窦，导致窦前的血瘀气滞、血不养肝及肝功能失调；门脉干支附近的纤维化则形成了血吸虫病性干线型肝硬化。以“审证求因”与“治病求本”的中医思想方法为指导，对上述病因病机用中医理论加以概括，就是“肝络阻塞、血瘀气滞”八个字，于是拟出了具有针对性的基本治则，就是“活血化瘀、行气通络”。
为了找到最有效的治本方法，王玉润教授从中医古代文献的累累巨卷中，从大量治疗肠道寄生虫、血吸虫、梅毒、疟疾等原虫病和肝脾疾患、淋巴系统疾病的有效方药中，以及从一般剧毒药、色素药、民间流行杀虫药中，进行淘滤筛选和临床验证，最后才找到了一张古方──桃红饮。他以此方为基础方，制成活血化瘀流浸膏，进行辨证论治临床试验和一系列实验研究。经这两项观察，都提示活血化瘀流浸膏可能具备一定程度的抗肝纤维化与改善肝脏血流动力学效应等作用，并见到细胞免疫功能的调整和提高以及肝功能试验也有明显好转。他继续将活血化瘀流浸膏中所含的每味药物分别设组进行三个月的动物模型实验治疗，反复筛选、比较观察的结果，发现了桃仁的作用较明显，与活血化瘀流浸膏的疗效渐趋一致。而后，他又再次把桃仁的各种制剂——桃仁霜、桃仁油、桃仁提取物分别设组进行模型动物的实验治疗，经过反复的对照比较证实，有效部分是桃仁提取物。最终找到了克疾制胜的武器——桃仁提取物。
王玉润教授为了切实解开桃仁提取物对血吸虫病肝硬化在治本过程中的具体作用，采取了现代科学的手段和方法进行临床和实验研究，他一直试图利用现代科学的某些手段和仪器，包括基础医学的有关指标、病理生理与组织形态学、生化和免疫学等等。他穷以日月，日积月累，获得了描述详尽而且更具体的研究资料，经过认真分析比较后才论定，桃仁提取物对血吸虫病性肝内弥慢性纤维组织增生引起的“肝络阻塞、气滞血瘀”有明显治疗作用。再通过实验研究审证求因，和对于病本的进一步研究，他认识到病证“肝络阻滞，血瘀气滞”背后的实际意义。即桃仁提取物抗肝纤维化的药理，是通过提高肝组织胶原酶活性，促进肝内胶原纤维的降解这一途径来实现的。肝纤维化一旦发生逆转，致使肝内纤维含量减少，就极大地改善了肝脏供血状况，又进一步促进了组织内的蛋白合成代谢旺盛。这跟患者的临床表现，以及生化、免疫方面的指标变化和腹腔镜检的肝脏表面与电子显微镜下肝组织亚微结构的观察等相吻合。王玉润及其课题组人员，终于揭开了晚期肝硬化的转归机制和桃仁有效成分中断纤维化自然病程药学原理的神秘面纱。这是王玉润教授的识病治本学术思想在生命科学亚微结构水平上的具体实践，也是王玉润教授在中医学走向现代化目标进程中的具有开拓意义的建树。
王玉润教授临床研究的阶段性发展，既反映了他善于在实践中不断总结经验教训，又反映了他的临床研究是在理性之光照耀下，即在新目标和新理论的指导下逐步展开和发展起来的。如果与他后来的科研成果联系起来思考的话，那么更可以看出有其因必有其果，有其果必有其因的规律性。同时，还可以反映出他的科研思路是如何在各个阶段中逐步形成、发展和成熟起来的，这也反映了他的学术思想逐步走向成熟的过程，因而也印证了唯物辩证法的实践论和认识论的客观规律：人的认识总是随着实践而不断发展的，理论总是随着实践而逐渐升华的。
必须说明的是王玉润的工作之所以取得偌许成绩，既与他本人的素质、文化底蕴分不开，又与群体力量的参与是分不开的。王玉润的文化底蕴必须有两个方面的基础，一是传统文化，特别是对于中医文化方面的深厚基础，一是西方医学方面的广泛知识。而且还要求他带领的课题组必须形成一个知识互补、群策群力的攻关群体。
作为科学探索者，王玉润总是从一个目标走向另一个目标，总是在不断地搜寻和探索新的研究课题，不断地扩大战果。1981年开始，王玉润应邀出访并进行学术讲演和学术交流，他的学术报告《中医药如何走向现代化》、《抗肝纤维化的中药研究》等，在各国医学界引起了重大的反响。同时，信息反馈又深化了他对血吸虫病肝硬化专题的研究，使他在血吸虫病肝硬化专题的基础上开始扩大搜索目标，进行以血吸虫为诱因的各种肝硬化的研究。