有些药物通过炮制和配伍，要减少或监视其副作用，并能增加治疗作用，如熟地、阿胶等炒炭或珠(用蛤粉炒)，或配以辛香理气的如炒枳壳、陈皮之品，可减少其滋腻呆胃的副作用，从而发挥其补益的作用；对砂仁、蒲黄、车前子或有关丸剂入药者用包煎，以免药液混浊；对紫菀、贯众、仙茅等品，方书中记载有小毒，与甘草同用，以解毒性；对有特殊气味的如乳香、没药、五灵脂之类以炒炙用。如某些刺激胃肠的药物如墓头回、椿根皮、臭阿魏等尽量不用或慎用；患者服药后有不适感，嘱其改在饭后服，对某些虫类药物尽量避免应用，以防异体旦白过敏反应的发生。
加工炮制能改变药物升降沉浮作用趋势。盐炒则降，如杜仲、菟丝子盐炒后则增强其下行补肾的作用；姜炒则散、厚朴、半夏经姜炒后，增强其止咳化痰、温中止呕的功效；醋炒则敛、如白芍、延胡索、艾叶经醋炒炙后，增强其收敛止痛的作用；某些药物经醋炙后，除增强其收敛止痛作用外，同时加强其曲直作酸，入厥阴肝经的作用，如先生研制的内异Ⅰ号丸中的生大黄、炙鳖甲等均经醋浸泡后入药，取其入肝经之目的。酒炙则升，如大黄经酒炙炒后则能改其通下之性为上行，具有行血通经，祛瘀止痛的功效，蒸熟则泻下力和缓，适用于老年人及体弱者，炒炭可用于大肠积滞的大便下血，有止血作用。临床多以熟大黄炭用于妇女崩中漏下，以达祛瘀清热生新之目的。