柏教授运用中医辨证施治理论，认为肛肠病多与湿热血瘀有关，故治疗应以清热利湿，活血化瘀为主，创制了治疗肛肠科各种疾病及手术创面的“痔科熏洗方”。方中虎杖苦平，功用清热利湿，通络，用为君药；蒲公英苦寒，功用清热解毒散结；黄柏苦寒，功用清热燥湿，泄火解毒。蒲公英与黄柏共为臣药，共同加强君药清热解毒、活血化瘀作用；苦参苦寒，功用清热燥湿、杀虫止痒，外洗治疗伤口痒痛效果较好，用为佐药。四药相合，清解与苦降并举，理湿与行血皆施，可使湿热去，瘀血行、结气散，局部不适症状消失，伤口愈合加速。
中药保留灌肠是治疗许多肛肠疾病的有效方法，但需根据不同病情选用不同药物。肛痈、痔嵌顿、血栓外痔等症见红、肿、热、痛者，可选用金三七；柏连松教授研制的炎宁灌肠液，适用于各种急、慢性肛门直肠结肠的炎性病变。