经络学说是祖国医学基础理论的重要组成部分，早在古代经典著作《内经》等书中，已有较为详尽的论述，历代医家又不断加以发展和补充，形成了一个周密完整的经络系统。杨氏认为经络学说自创始到发展，与针灸有着不可分割的关系。例如针灸治病所用的腧穴，就是经脉之气注输出入的处所。在辨证论治，处方配穴，选择手法等各个方面，皆不能脱离经络学说的指导。针灸治病必先明辨病在何脏何经，然后按照脏腑经络和腧穴的相互关系，采取循经取穴，邻近取穴或随症取穴等方法，相互结合使用。正如《灵枢·刺节真邪篇》所说：“用针者，必先察其经络之实虚，切而循之，按而弹之，视其应动者，乃后取之而下之。”因此，杨氏认为经络学说是针灸临床治病的根据，在针灸临床上一定要十分强调经络理论。他常说：“脱离了经络，开口动手便错，针灸工作者也应如此，千万勿忘重视经络。”
重视穴位压痛检查。经络是人体气血运行的通路，通过经络系统的联系，人体内外上下，脏腑肢节，身体各部组织器官联成为一个有机的整体。腧穴是人体脉气输注于体表的部位，因此内脏有病，常可通过经络反映到体表，在穴位上表现为压痛等反应。杨氏在临床上极重视体表穴位的压痛检查，借以分析内部脏器的病变情况。他认为急性病压痛较显著，慢性病压痛范围较小。五脏六腑处于胸腹中，而脉气发于足太阳膀胱经，故五脏六腑之俞穴皆在背腰部。《灵枢·背输篇》说：“则欲得而验之，按其处，应在中而痛解，乃其腧也。”如咳呛病在肺俞处有反应，按之舒服；脏躁病(癔病)在心俞；溃疡病在胃俞；胆囊病在胆俞有按痛；月经病及失眠在三阴交穴有压痛；精神分裂症在血海穴有压痛等等。在这些压痛点进行治疗，往往可收事半功倍之效。
重视针感传导方向。针刺治疗要有一定的感应(即得气)，若能“气至病所”，那末疗效往往更好，这是每一个针灸医生所熟知的。杨氏认为针刺感应的传导放散，是由经络循行及穴位性能来决定的。一般来说，手之三阴，从胸走手，内关、少海清热安神，针感向下；中府、列缺调肺利气，都向末梢放散。手之三阳，从手走头，合谷能升能散，手法正确，针感可到肩（骨禺）yu，甚至到头颈；曲池走而不守，针感也可向上。足之三阳，从头走足，足三里和胃止痛补气，针感向下可到第二足趾；委中清热利湿定痛，感应向下可至足跟；阳陵泉镇痉熄风止痛，针感也向下至外踝。足之三阴，从足走胸腹，血海调血清血，主治血症，针感向上；三阴交助运安神，祛风化湿，疏调下焦，清理一切血症，针感可放散到腹股沟。但这些情况并不是绝对的，只要改变针尖迎随方向，调整手法，也可使放散路线得到改变。例如内关穴大都向末梢放散，但若和公孙配合，主治胃心胸之症，运用催气手法，重压下方，并用迎而夺之的方法，可使针感传向肘臂，立即产生嗳气，缓解心胸疼痛有奇效。
重视循经远道取穴。这是根据“经脉所过，主治所在”的理论。如咽干声嘶，取双太溪用阴刺法，效果甚好；急性扁桃体炎针合谷、少商较有效；胁痛取阳陵泉；胸闷欲吐泻内关、太冲，由于手阳明经在面部的路线呈交叉，故口眼（口呙）斜取合谷，左针右、右针左；牙痛取合谷，内庭均能治疗。但手阳明大肠经“入下齿中”，足阳明胃经“入上齿中”，所以临床上一般认为下齿痛用合谷，上齿痛用内庭。然而杨氏认为手阳明大肠经的有穴路线主要循行于上齿，而足阳明经的有穴路线都循行于下齿部；所以上牙痛取合谷、下牙痛用庭，效果更好；但不论是上牙痛，还是下牙痛，当治疗时必须令患者先咬紧牙关，再进行针刺，效果更为显著，这是杨氏针灸疯科流派的又一经验特色。
重视以痛为输。十二经筋是随着十二经脉分布的，它循行于体表而不入内脏，其发病症状也偏于从方面。杨上善说：“经脉是阴阳气之所资，邪入肌腠，袭筋为病，不能精输，遂以病居痛处为输穴”。杨氏在临床上对于经筋之病，常用“以痛为输”的方法来治疗。如网球肘疼痛较为顽固，在检查时可发现肱骨外上髁有一压痛拒按处，应在该点上施以较强的恢刺或合谷刺，以泄其邪，配以艾灸温针，甚致用杨氏絮刺火罐疗法，吸出瘀血凝块，常能缓解筋急布收到疗效。