一、强调整体观念的辨证施治
朱氏常提到的临症时要“因人而治，因病而治，因部位不同而治。”人有男女老少，证有表里虚实，病变部位有深有浅。因此治疗要从整体出发，审证求因，选取相应的穴位和恰到好处的手法，才能取得良好的效果。有一教师突然四肢抽搐，身体（足卷）缩，痛苦难忍。当时周围的人都束手无策，后经朱氏在患者背部督脉经上运用一指禅推摩相兼的手法，持续5分钟后就见患者抽搐逐渐缓解，身体慢慢伸直， 又经20分钟推摩后，身体完全恢复如常，观者无不称道，学生问朱氏为何四肢抽搐？又为何只独推督脉？答曰：四肢抽搐乃阳气不足之故。督脉是诸阳之会，总督一身阳经，推摩督脉能振奋阳气，使阳气贯达四末，其患可愈。
二、重视脾胃功能
脾胃乃后天之本，生精之原。朱氏认为脾胃有伤，则百病丛生。他对治疗肠胃方面的疾患有其独到之处，对其他因气血虚衰所致的病症也往往从调理脾胃功能着手。根据辨证，常选取中脘、天枢、气海、关元、足三里、三阴交、脾俞、胃俞、肾俞、大肠俞、膀胱俞、命门等诸穴，手法主要用推、摩、按三法。对于用一指禅推足三里穴使之得气，朱氏有其独到之处，是其临证时一种常用的方法。(按:用一指禅推足三里穴使之得气，必须要有深厚的功力才能达到。)
三、循经络，推穴道，紧推慢移，力透溪谷
朱氏认为经络理论应用到推拿临床上，既有诊断作用，也有治疗作用。手法操作时应循着经络路线慢慢移动，在选取的主要穴位上要持续多推，使指力透达肢节骨缝，切忌不分主次，一带而过。认为《内经》中所述“按摩勿释，着针勿拆，移气于不足，神气乃得复”一段中的“按摩勿释”运用于推拿临床，就是要持续推拿，紧推慢移之意。现代实验证明，用一指禅推人体某一穴位时，随着持续时间的延长，所推部位的温度亦随之逐渐升高并透达到组织的一定深度。这就是常说的“深透”之义。
四、强调手法以柔和为贵
朱氏博览群书，尤其推崇明代名医张介宾。常告诫学生，治疗时手法必须柔和灵活，刚柔相济，使患者在舒适的感受中消除病痛。反对用粗暴强制的手法增加病人痛苦，他常引用张介宾的一段话：“今见按摩之流，不知利害，专以刚强手法，极力困人，开人关节，走人元气，莫此为甚，病者亦以为法所当然，即有不堪，勉强忍受，多见强者致弱，弱者不起，非惟不能去病，而适以增害，用若此辈者，不可不知为慎。