朱氏学术思想渊源于《内经》，《金匮要略》，博采《妇人良方》，《济阴纲目》，《傅青主女科》等医着，尤其是推崇宋代陈自明《妇人良方》和明代武子望《济阴纲目》中治疗妇人病的处方用药。朱氏治病主张务求其本，重视气血，脏腑，经络理论，尤其调肝和奇经学说的运用。认为妇人以血为主，而肝为藏血之脏，与冲任血海密切相关。奇经盘踞于小腹又为经，带，胎，产之疾的病变所在，故妇人内伤杂病的治疗非深究奇经难以获效。审证注重证乳，以察肝气的条达或怫郁；又注重按腹，以辨胎孕或症结。朱氏常谓：“妇人病多隐微，必须详问细查，方能确切证断，则用药无不中鹄。”临床善治崩漏，痛经，不孕，子痛等证，对药物的使用和配伍具有特殊的见解和心得。朱氏强调指出，治疗妇人病应掌握服药时间，才能提高疗效。如他治疗痛经一症，根据不同病因类型，其治疗时间也有不同。痛经属气郁型者，在经前感到乳胀胁满时，就应服用疏肝理气药，使肝气条达，气血运行复常；属血瘀型者，应在行经初期，给以活血调经药，使“瘀滞”即时给以得散；属虚性者，必须平时服药，行经期不须服药，同样能治愈痛经。此外，朱氏治病既不拘一病一方，亦不局限内服汤药，兼用内外合治，或单用简便外治方法而获奇效。如曾治一例鼻渊病家衄血不止，症势猛急，急取附子研碎糊并贴于足心涌泉穴，再以冷湿毛巾外敷风池穴，衄血须臾即止。又如对患盆腔炎腹部触及包块者，除内服汤药外，又用川椒，大茴香，乳香，没药等共研细末，以面粉，高粱酒少许调和敷于患处，再以热水袋温烫，腹部包块每能消散。