方药中1921年10月14日出生于四川省重庆市。
1940年，拜门于“南京四大名医”之一、清代著名医家陈修园后裔陈逊斋学习中医。陈老为其更名为“方药中”，勉励他“要一生沉潜于方药之中”，并取“方药必能中病”之意。
1944年出师后，经考试和审批，取得了“中医师证书”和“执业证书”，在重庆市开设“方药中诊所”。主治脾胃病及内、妇、儿、针各科。业医同时，在《中国医药月刊》上发表文章，论述中医理论，反对借“中医科学化”之名，行消灭中华文化，消灭中医之实。
1951年，调至西南卫生部中医科工作。
1952～1957年，以“中学西”身份，考入北京大学医学院医疗系学习西医五年。学习期间，发表了第一部专著《医学三字经浅说》。
1957年北医毕业后，分配到中医研究院（现为中国中医科学院）从事临床、教学和科研工作，直至病逝。
上世纪五六十年代，方药中承担了卫生部举办的“西学中”高级班的教学工作，并承担了协和、北医、军事医学科学院等十个单位的“西学中班”教学工作。讲授《中医基础理论》、《内科学》、《方剂学》、《伤寒论》、《金匮要略》和《素问·运气七篇》。在此期间，写成第二部专著《中医学基本理论通俗讲话》。临床方面，先后从事大叶性肺炎、肝硬化腹水的诊治研究。六七十年代，他曾多次参加医疗队，深入到甘肃、山西、新疆、山东等边远贫困地区、灾疫区参加浮肿干瘦病、布氏肉杆菌病、丝虫病等的救治工作。多次被评为“先进工作者”。1975年参加筹建创办全国中医研究班。1978年参加创办中医研究院研究生班，并长期主持工作。1981年国务院学位委员会授予方药中“中医基础理论”首批唯一一位博士生导师。
1986～1990年，主持国家“七五”科技攻关课题《著名中医方药中对慢性肾功能衰竭的诊治经验研究》，获1991年国家中医药管理局科技进步三等奖，并参加了国家“七五”科技成果展览。1990年被国务院授予有突出贡献的专家。同年获“阿尔伯特爱因斯坦世界科学奖”荣誉证书。1984年，方药中光荣加入中国共产党。
1995年3月3日病逝于北京，享年74岁。
方药中生前曾任：中国中医研究院研究生部主任、西苑医院副院长。兼任国家科技进步奖评审委员会委员、国家自然科学基金评审委员会委员、国务院学位委员会学科评议组成员。卫生部药典委员会委员、药品评审委员会委员。中华全国中医药学会（现中华中医药学会）常务理事等职。（许家松提供，刊出时有删减）