方氏学术思想，提倡继承经典，对古今有益病家之术兼收并蓄，临证主张辨证精确，取穴少精，重视手法，补泻分明，针药兼用。方氏主张首应熟谱经典，然后融会贯通，不泥古法，以求突破。如在《金针秘传》中载谓:“医者教人以规矩，取方圆也。规矩之法在师，方圆之法则在弟子也。”为此，他指出:“古法所载刺几分深、留几呼、灸几壮，皆古人特论其理之常如此耳。凡用刺法，自有所宜，初不必以此为拘泥也”。主张应按视其寒温盛衰而谓之。曾谓:“……治病无定穴也。大凡邪中于人，与正周流上下，或在气分，或在血分，无有定止。故喻用针，正如用兵，彼动则此应，或出以奇，或守以正，无有定制。如医者不究其因，不察传变，惟守其穴主某病之说，执中无权，按谱施治，譬之狂潦泛滥，欲塞下流而获安者，亦偶然耳。夫病变无穷，针法亦无穷，病或在上而从下取之，病或在下而从上取之，或近取，或直取，审经与络，分气与血，病随经而在，穴随经而取，庶得随机应变之理。”