脏腑辨证源于《内经》，《金匮要略》中亦用脏腑辨证。晋唐以来多集验方，如《肘后方》、《深师方》、《小品方》，至唐王焘集诸家验方而为《外台秘要》，皆以病证为主，孙思邈着《千金方》以脏腑分篇，各列寒热虚实诸病方证。以后，宋钱仲阳着《小儿药证直诀》，以五脏寒热立方，如泻白散、导赤散诸方。金元间张洁古着《脏腑用药式》，每一脏腑分列寒热补泻诸药证，它的优点是每一脏腑证和药配合起来，比较具体，学习的人见某些证即知属某一脏腑，或寒或热或虚或实。其缺点就是丢掉方贴，所用药也仅限于此，形成公式化。到明代薛立斋着《平温会粹》，纯用“肝脾两虚”，“脾胃两虚”之说，因为薛是太医院医官，所以影响很大，其弟子同慎斋著书立说以脏腑五行生g为本，通行于大江以南，至叶天士后遂盛行于全国，尤其晚清至民国初年，医生立案疏方，无不以脏腑寒热虚实生g乘侮立论。
张仲景主张“博采众论”，其《伤寒论》中以方证为主，有是证用是方，杂病虽用脏腑，然方证仍是主要方面。《外台秘要》而后，宋有《圣济总录》、《太平圣惠方》，明有《普济方》，此数书可谓集明以前病证方药之大成，在研究治疗某病时可作为参考资料。至清代仍有以方证为主的，如张璐玉著有《医通》、徐灵胎著有《兰台轨范》。先生认为：“两者应该合流，不必偏废。”“脏腑辨证”为医生从临床总结而来证治分类，可以纠正人体脏腑功能，增强人体体质，抗病和修复能力，有些还可以对病的本质起针对作用。“以方统病”是医生采用各方面的方贴，针对疾病的病机或病证，可以对一病或多病起作用。验方、禁方、秘方系劳动人民的经验，有些对病证有特殊疗效，也有一般性的，但较少辨证观点。以上各方面都各有优点亦各有不足之处，如单纯采用脏腑辨证，则用药如程式，药物亦有一定的局限性，不能发掘“对病真方”。如果单纯采用“以方统病”，若辨证不相符合的则技穷；如果单纯采用验方没有理论作为指导，往往施于此而有效，用于彼则无效。先生指出“合之则兼美，离之则两伤。”