引起睡眠呼吸暂停综合症的原因很多，有全身性的疾病，如肥胖、糖尿病、甲状腺功能低下、肢端肥大症等内分泌系统及神经系统疾病;此病也能由咽部窄小或阻力增高引起，如鼻中隔偏曲，鼻息肉，扁桃体肥大，咽部松弛，悬雍垂过长。舌体肥大，舌根部肿瘤、舌后缀，颌面部发育畸形，如小颌畸形等。小儿多由于扁桃体肥大及腺样体肥大 。 医学研究证实，打呼噜发生的主要原因为鼻和鼻咽、口咽和软腭及舌根三处发生狭窄、阻塞，再加上睡眠时咽部软腭松弛、舌根后坠等导致气流不能自由通过咽部的气道，振动咽部软组织就会发出一种巨大的鼾声--打呼噜。
人在睡眠时全身放松，如果鼻咽喉这三个部位有阻塞，气流冲击狭窄的部位，引起共鸣腔的振动而发出不同程度的响声。气道阻塞越重呼噜声就越响，当阻塞的程度较重时，就会出现吸气困难乃至呼吸停止，继而缺氧和二氧化碳潴溜，血液内为低氧血症和高碳酸血症，刺激中枢发出指令，呼吸肌强烈运动，将肺内的气体排出，然后深吸一口气，这就形成阻塞性睡眠呼吸暂停综合征。由于体内缺氧和二氧化碳潴溜，全身各个部位都会受到不同程度的损害，尤其是心血管系统和中枢神经系统，表现为心率失常，心肌受损，高血压，白天精神萎靡不振，无精打采，注意力不集中，工作效率低下。
打呼噜严重危害自身健康，由于打呼噜时频繁出现呼吸暂停，使大脑严重缺氧，患者出现口干舌燥、头昏脑胀、困倦瞌睡而影响工作和学习。尤其对中老年患者、长期打呼噜可导致心律失常、血压增高、心肌梗塞、脑溢血、内分泌紊乱及精神神经疾患。打呼噜时呼吸及心跳骤停可导致在睡眠中猝死。打呼噜已严重威胁到生命健康。