鼠疫是古老的流行病，中医对其有不同的辨证施治方法。其中用药物来预防是平安不染时疫的良法。清代梁达樵在《辨证求真》指出：“平时用九节石菖蒲二分、银花蕊六钱，煎水一盅，先服三分之一，将三分之二入蜜糖再服可也。何以先服再服，内有法道存焉。先服菖蒲、银花，乃通内窍而辟秽，又嫌菖蒲过燥，不能多服，加入蜜糖再服润燥解毒。若三味同服，又嫌蜜糖腻住秽浊，不能辟疫，是以一立法贵乎精。良方名银蜜平安饮，可无疫症传染也。”
另外，也可平日里多饮茶水，多吃葛、薯、豆类食物。清末黎佩兰在《时症良方释疑》中指出：宜多饮茶水，以涤血热(龙井茶、山茶、豆角干、马齿苋、桑寄生、马蹄、蔗、苦瓜干皆可)。非独有病为然，饥宜食粉葛、黎洞薯、赤小豆、生马蹄(或磨烂蒸熟)、生地黄皆可，以少为贵，不饥则不必食。
并且，他还活用王清任的解毒活血汤，以此加减治疗鼠疫，强调专病专治，（《汇编》化裁）：连翘3钱，柴胡2钱，葛根2钱，生地5钱，当归1钱五分，赤芍3钱，桃仁8钱，红花5钱，川朴1钱，甘草2钱，苏木1两5钱，石膏1两，共12味药。
另有张锡纯之白虎加人参汤，其中又以山药代粳米,再加玄参，治疗鼠疫症状。
生石膏（三两捣细）知母（八钱）玄参（八钱）生怀山药（六钱）野台参（五钱）甘草（三钱）共煎汤三茶盅，分三次温饮下。
最近有研究显示：选择6种常用抗菌中药，黄连、苦参、连翘、大黄、生地、知母，分别采用水提法制备至质量浓度1mg/L的药液。经实验发现，这类常用抗菌中药对鼠疫菌都有一定的抑菌作用。（刘汀）