非典型肺炎是相对典型肺炎而言的，典型肺炎通常是由肺炎球菌等常见细菌引起的。症状比较典型，如发烧、胸痛、咳嗽、咳痰等，实验室检查血白细胞增高，抗菌素治疗有效。非典型肺炎本身不是新发现的疾病，它多由病毒、支原体、衣原体、立克次体等病原引起，症状、肺部体征、验血结果没有典型肺炎感染那么明显，一些病毒性肺炎抗菌素无效。
根据香港大学医学院的最新研究表明，香港等地爆发的非典型肺炎是由一种冠状科病毒引起的。由于已经肯定病原体，所以可以称之为冠状病毒肺炎。香港研究人员说，冠状病毒肺炎主要传播途径是间接接触传播，冠状科病毒可于体外生存数小时，用手接触眼、口及鼻，即会受感染。港大已发明出抗体测试及病毒基因测试，而其中基因测试可于数小时内知道是否染上非典型肺炎，并且可以将冠状病毒肺炎与其他类型的肺炎区分开来。
非典型肺炎大多数人感染4天后发病，以发烧为首位症状，持续39℃以上数日。部分人可伴有头痛、畏寒、乏力、关节痛、全身酸痛、腹泻。呼吸道症状明显，干咳、少痰，偶有血丝痰，重则5天后出现呼吸加速、憋气等呼吸困难症状，极个别病人出现呼吸衰竭，如诊治延误可引起死亡。
上述症状像上呼吸道感染，因此高度疑似非典型肺炎还必须具备4个条件，即有近期到过该病流行区史或密切接触过病人；验血白细胞1万以内，甚至进行性降低；胸片有不同程度的阴影；抗菌药物治疗无明显效果。
预防：
预防措施：（北京晚报报道）
1.保持工作、生活环境通风换气(特别是高档装修和使用中央空调的单位要定时开窗通风)，必要时可对室内环境进行消毒(使用15%过氧乙酸熏蒸，7毫升／立方米，每天1至2小时)；2.尽量减少到人群集中的地方活动；3.缩短探视病人的时间，接触病人须戴16层棉纱口罩，四小时更换一次。最好隔窗探视；4.注意个人卫生，经常用肥皂和流动水洗手；5.注意增减衣物，加强户外锻炼，增强体质；6.一旦发生发热、咳嗽等症状，及时就医，早期诊断治疗。据广东经验，续发的第二代、第三代病人的病原、毒力减弱，病情减轻，因此不要随意服用预防药物。食醋熏蒸和服用板蓝根不能阻止该病传播，滥用药物有害无益。
各地专家推荐预防“非典型肺炎”药方：
药方一：（中国新闻网）
生黄芪十五克，银花十五克，柴胡十克，黄芩十克，板蓝根十克，贯众十五克，苍术十克，生苡仁十五克，防风十克，生甘草五克，藿香十克。用水煎服，每天一付。专家特别指出，脾胃虚弱的人应减半；怀孕早期的孕妇慎用；儿童用量酌减。
药方二：（北京日报）
双花20克，连翘20克，板蓝根15克，贯众15克，鱼腥草20克，黄芩6克，甘草10克，豆豉6克。此方具有宣肺清热、解毒祛温的功效。以水煎服，每日一剂，早晚各一次。儿童、老人酌减至二分之一或三分之一。孕妇忌服。
药方三：（北京娱乐信报）
苍术12g，藿香12g，银花20g，贯众12g，黄芪15g，沙参15g，防风10g，白术15g。在室内熏艾条、熏香等也可有预防作用。具体服用方法：此药采取一般中药煮制方法。体质较强的市民可以隔天吃1服(1服分早晚各1次)，连续吃3服。体质稍弱的市民可以每天吃1服，连续吃7天。此药方适用于一般人群，小孩及孕妇应酌情减量。
药方四：（华商报）
金银花15克；连翘15克；板蓝根15克；荆芥15克；野菊花15克；鱼腥草30克；防风12克；薄荷12克；甘草6克；黄芩12克。服法：用水泡药半小时，然后加凉水煮开（注意：薄荷小火10分钟后下），小火15分钟即可。分早中晚三次服下，一天一服。可连服三天，三天见效。
卫生部公布推荐治疗方案：
(一)一般性治疗：休息，适当补充液体及维生素，避免用力和剧烈咳嗽。密切观察病情变化(多数病人在发病后14天内都可能属于进展期)。定期复查胸片(早期复查间隔时间不超过3天)、心、肝、肾功能等。每天检测体表血氧饱和度。
(二)对症治疗：
有发热超过38.5℃者，全身酸痛明显者，可使用解热镇痛药。高热者给予冰敷、酒精擦浴等物理降温措施。
咳嗽、咳痰者给予镇咳、祛痰药。
有心、肝、肾等器官功能损害，应该作相应的处理。
气促明显、轻度低氧血症者应早给予持续鼻导管吸氧。
儿童忌用阿司匹林。
(三)治疗上早期选用大环内脂类、氟喹诺酮类、β-内酰胺类、四环素类等，如果痰培养或临床上提示有耐药球菌感染，可选用(去甲)万古霉素等。
(四)糖皮质激素的应用：建议应用激素的指征为：有严重中毒症状；达到重症病例标准者。应有规律使用，具体剂量根据病情来调整。儿童慎用。
(五)可选用中药辅助治疗，治疗原则为：温病，卫、气、营血和三焦辨证论治。
(六)可选用抗病毒药物。
(七)可选用增强免疫功能的药物。
对重症病人的处理和治疗，请参考卫生部网站。
非典型肺炎出院诊断参考标准：
要同时具备三个条件：未用退热药物，体温正常7天以上；呼吸系统症状明显改善；胸部影像学有明显吸收。
抑制非典型肺炎病原生长药物
1、抗生素类：阿奇霉素(最小有效浓度31.25 ug/ml)、盐酸四环素(最小有效浓度1.45ug/ml)、左氧氟沙星(最小有效浓度5.9ug/ml)、多西
环素(最小有效浓度0.15ug/ml)、利福平(最小有效浓度375ug/ml)、红霉素(最小有效浓度46.88ug/ml)。
2、抗病毒药物类：更昔洛韦(最小有效浓度23.44ug/ml)。
试验中发现不能抑制病原生长的药物有：抗生素类的克林霉素和抗病毒药物利巴韦林、阿糖胞苷。
中国疾病预防控制中心强调指出，这些药物的试验结果为体外药敏试验结果，仅供临床医生参考。