（１）食管镜检查 经细胞学检查不能肯定诊断而需作活组织检查者。
（２）纤维胃镜检查 适用于胃的良、恶性肿瘤的检查，可通过胃镜取活组织进行病理学检查以明确诊断。
（３）纤维结肠镜、乙状结肠镜检查 主要对直肠、结肠的良、恶性肿瘤的鉴别诊断具有重要价值。
（４）支气管镜检查 经细胞学检查不能肯定诊断而X线征象有癌瘤怀疑，需作支气管镜检查以明确诊断。
（５）膀胱镜检查 对怀疑膀胱肿瘤，而需取活组织作病理诊断以确诊者。
内窥镜检查的优点，在于能直接了解肿瘤的形态、范围、性质等，更重要的对临床诊断有确诊价值的是可以取活组织进行病理诊断，无论对于诊断及鉴别诊断或治疗提供可靠的依据。