顾名思义，肠病性关节炎的基本病变在肠道，因此大部分病人都有炎症性肠病的临床表现，包括腹痛、腹泻、黏液、脓血便等消化道症状，以及发热、消瘦等全身表现。
大多数病人的肠道症状发生在关节病变之前或两者同时发生，有的病人则关节病变发生于肠道病变前几年。约17％—20％肠病性关节炎病人发生周围性关节炎，表现为少数关节、非对称性、一过性和游走性，以及复发和消退交替出现。大关节和下肢关节受累此小关节和上肢关节受累多见。腊肠指（趾），肌腱端病，尤其跟腱炎和跖底筋膜炎均可见。克罗恩病关节炎并可见到杵状指（手指呈鼓锤状）和骨膜炎。
据报道，约20％酌肠病性关节炎病人发生脊柱炎及骶髂关节炎。主要表现为腰背、胸、颈或臀部疼痛，腰和颈部运动受限及扩胸度减少。其病变的病程和肠病病程不平行。肠病手术治疗并不影响脊柱炎和骶髂关节炎的病程。HLA-B27（人类白细胞抗原-B27）阳性率占50％-60％。
此外，部分炎性肠病病人还可出现结节性红斑、网状青斑、血栓性静脉炎和小腿溃疡等皮肤、黏膜、浆膜和眼部等病变。
肠病是肠病性关节炎的基础，治疗时理所当然地应首先控制肠病。非甾体类抗炎药消炎痛、怡美力、乐松、莫比可等可改善关节症状，但要注意药物对已有病变肠道的副作用。柳氮磺毗啶对溃疡性结肠炎、周围性关节炎及脊柱炎都有治疗作用，可谓一举两得。皮质激素可以控制肠病及减轻周围关节炎，但对脊柱炎和骶髂关节炎无效。