目前，慢性乙肝的治疗是世界性的难题。很多慢性乙肝患者，使用了多种药物治疗，但疗效均不明显，病情总发生反复。乙肝之所以成为顽症，与乙肝病毒的结构、感染方式、免疫特性等因素有着密切的关系。
首先，人感染乙肝病毒后，血液中的乙肝病毒有坚硬的蛋白质外壳。因此，治疗乙肝的药物很难直接对病毒产生作用，必须依赖人体的免疫功能。
其次，乙肝病毒的复制是在肝细胞内进行的，而治疗药物必须是小分子物质才能进入肝细胞内发挥抗病毒作用。乙肝病毒在人体肝脏以外的组织中的潜伏期平均为90～120天，因此抗病毒药物要发挥作用，必须经过系统的、有足够疗程的治疗用药。
第三，乙肝病毒在某些药物作用下，会发生病毒基因变异，产生耐药或免疫逃避。因而在选择治疗药物时应当慎重。
第四，乙肝病毒感染肝细胞后，随着病程的延长，病毒可能与肝细胞的基因产生整和。一旦发生这种现象，治疗难度会明显加大。因此，乙肝治疗必须及时。
此外，乙肝垂直传播容易形成免疫耐受。感染乙肝病毒的母亲通过胎盘感染胎儿，孩子出生后，由于免疫系统发育不完善，免疫功能不健全，不能有效地识别乙肝病毒，从而造成乙肝病毒感染。
再者，乙肝病毒的复制模式不同于一般病毒，会形成病毒复制的原始模板，稳定贮存在肝细胞核内，半衰期10～100天，一般的抗病毒药对模板无效，因而乙肝患者停药后往往发生病情反复。